長岡市の組織構成は次のとおりです。
・市議会
・地方創生推進部

・DX推進部
・総務部
・財務部
・危機管理防災本部
・原子力安全対策室
・地域振興戦略部
・市民協働推進部
・福祉保健部
・環境部
・商工部
・観光・交流部
・農林水産部
・都市整備部
・中心市街地整備室
・土木部
・支所（10支所）
・会計課
・水道局
・消防本部
・教育委員会（教育部、子ども未来部）
・選挙管理委員会
・監査委員
・公平委員会
・農業委員会
・固定資産評価審査委員会
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