単身赴任などで別居している場合は、生計を維持する程度の高い方に支給されます。
両親が離婚協議中のため別居していて生計を同じくしていない場合は、子どもと同居している方の親に児童手当が支給されます。
いずれも、別居した時点で手続きが必要になりますので、詳しくは児童手当担当窓口にお問合せください。