市民税・県民税の住宅ローン控除は還付ではなく、翌年度の市民税・県民税（年額）を算定する過程で、税額控除として市民税・県民税所得割から控除します。
また、市民税・県民税の住宅ローン控除の金額については、所得税から控除しきれなかった額を基に計算します。
ただし、入居日が平成19年及び平成20年の方は税額控除の対象になりません。
なお、この制度の適用を受けるための市への手続きは不要です。