長岡市の国内の姉妹・友好都市は、東京都武蔵野市、群馬県伊勢崎市、山形県白鷹町（しらたかまち）、東京都狛江市です。
合併前に旧小国町（武蔵野市）、旧寺泊町（伊勢崎市）、旧栃尾市（白鷹町）、旧川口町（狛江市）とそれぞれ友好・姉妹都市関係を結んでおり、現在も各地域でそれぞれ交流が続いています。