最寄りの地方運輸局、運輸支局または船員法指定市町村で申請を行うことができます。（長岡市では寺泊支所の住民窓口で行うことができます。）
・船員手帳を滅失（紛失）したり、き損したとき
【必要なもの】
・滅失、き損共通事項
○船員手帳再交付（書換え）申請書
○写真2枚（縦5.5・横4.0で6か月以内に撮影したもので無帽、無背景、上半身のもの）
○手数料1,950円
○印鑑（本人自署の場合は不要）
・滅失の場合
○海員名簿または雇入れ関係事項証明書か雇用証明書
○戸籍謄（抄）本または住民票（本籍地の記載されたもの）
・き損の場合
○き損した船員手帳
○雇用証明書（ただし雇用契約が継続中の場合は不要）
※滅失・き損いずれの場合も元の船員手帳の有効期限が切れているときは再交付申請はできません。